ناگلزمن پس از پایان دوران بازی، کار مربیگری را در سنین جوانی آغاز کرد. برای آشنایی بیشتر و دریافت اطلاعات کامل تر، همراه ما در وب سایت مجله خبری بایر لورکوزن باشید.
او با مربیگری در تیم‌های جوانان و تیم‌های دسته‌دو در آلمان، نشان داد که استعداد و درک عمیقی از بازی دارد. در اوایل دهه 2010، او به عنوان مربی تیم‌های جوانان در باشگاه‌های معتبر فعالیت کرد و توانست تیم‌هایی با بازیکنان جوان را به سطوح بالاتر برساند.
در سال ۲۰۱۸، او به عنوان سرمربی تیم فوتبال هوفنهایم انتخاب شد و در مدت کمی، این تیم را به یکی از تیم‌های برتر لیگ بوندس‌لیگا رساند. عملکرد درخشان او در هوفنهایم، سبب شد که باشگاه بایرن مونیخ در سال 2021 او را به عنوان سرمربی تیم اول منصوب کند. ناگلزمن با استراتژی‌های منسجم و تمرکز بر بازی مالکانه، تیم بایرن مونیخ را به قهرمانی‌های متعددی در بوندس‌لیگا و لیگ قهرمانان اروپا رساند. موفقیت‌های او در سنین کم، نشان از استعداد بی‌نظیر او در هدایت تیم و تحلیل تاکتیکی دارد.
